در حالی که مدارس هیئت امنایی نوعی از مدارس دولتی هستند، ولی این مدارس برای ثبت‌نام دانش آموزان خصوصا کسانی که در محدوده مدرسه زندگی نمی‌کنند کاملا خودمختار عمل می‌کنند.
نوشته خودمختاری مدارس هیئت امنایی در ثبت‌نام؛ قانون یا سلیقه؟ اولین بار در تجارت نیوز پدیدار شد.
source